Nella seduta del 28 ottobre 1792, la General Vicinia (assemblea dei capifamiglia) di Desenzano deliberò di affidare a «quattro de' più dotti autorevoli e zelanti cittadini del paese... tutta l'autorità e plenipotenza d'istituir» delle pubbliche scuole di «Latinità, Grammatica e Rettorica». Tra gli eletti spicca il nome di Angelo Anelli, poeta desenzanese noto ai più quale librettista dell'Italiana in Algeri di Rossini e per essersi attirato gli strali di Ugo Foscolo, cui aveva inopinatamente soffiato la prestigiosa cattedra di Eloquenza forense a Milano. Fu proprio Anelli a segnalare il nome di don Girolamo Bagatta, allora appena ventenne, come la persona più adatta a ordinare e dirigere il nuovo istituto. È questo l'atto costitutivo del Ginnasio di Desenzano, che il Bagatta, coadiuvato da don Felice Deder, resse fino alla morte (1830), aggiungendovi una casa di educazione (o collegio) nel 1812 e, tre anni dopo, le classi liceali.
Nel 1816 l'imperatore Francesco I, in visita nel Lombardo-Veneto, fermatosi a Desenzano e constatata la solidità e buona organizzazione dell'Istituto, ordinò che il diploma conseguito nel collegio fosse pareggiato a quelli dei Regi Licei dell'impero asburgico, come dichiara la lapide (dettata da Bagatta stesso) conservata nell'atrio della sede centrale. La promessa si concretizzò il 5 giugno 1821. Il 30 aprile del 1860 il Liceo divenne di proprietà comunale.
A testimonianza della buona fama dell'Istituto negli anni successivi all'unità d'Italia, si può ricordare il fatto singolare che per ben quattro anni consecutivi (1882-1885) Giosuè Carducci, allora all'apice della fama, scelse proprio il liceo di Desenzano per svolgervi le funzioni di regio commissario per gli esami di maturità. Non va dimenticato che proprio in quegli anni (1878-1896) preside del Liceo era Giovanni Rambotti, esimio studioso, già primo sindaco di Desenzano, cui è intitolato il Museo Archeologico cittadino.
Nel 1935 il Liceo ebbe la sanzione di scuola statale.
Nel 1966 l'offerta si ampliò con un corso di Liceo scientifico; all'inizio degli anni Novanta si aggiunse l'indirizzo linguistico. Dall'anno scolastico 2002/03 l'istituto offre anche un corso di Liceo delle scienze sociali con specializzazione su territorio e ambiente.
Nel 2010, con la Riforma, vengono confermati nell'istituto i quattro indirizzi di liceo classico, sceintifico, linguistico e delle scienze umane.